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丰度信息,从标本送检至结果报告仅需 2~3 个工作日。 表 1 测序阳性的革兰阳性菌分布情况〔n(%)〕
Table 1 The distribution of Gram-positive bacteria detected by use of
1.2.2 其他方法 在进行 mNGS 技术检测的同时,52
mNGS technology
例患者(55 个样本)采用培养法检测致病微生物、46
菌属(种) 平均序列 构成比
例患者(50 个样本)采用 G/GM 试验检测致病微生物、
痤疮丙酸杆菌 187 42(27.4)
44 例患者(48 个样本)采用 PCR 检测致病微生物。 表皮葡萄球菌 117 33(21.6)
1.3 统计学方法 采用 SPSS 26.0 软件进行数据分析。 人葡萄球菌 240 32(20.9)
2
计数资料以相对数表示,采用 χ 检验。以 P<0.05 为 丙酸杆菌 a 40 10(6.5)
差异有统计学意义。 金色黏液棒杆菌 67 5(3.4)
2 结果 溶血葡萄球菌 43 4(2.6)
2.1 患者资料及送检情况 53 例患者中男 36 例,女 棒杆菌 a 24 4(2.6)
17 例;年龄 4~67 岁,中位年龄 18 岁;重型地中海贫 藤黄微球菌 3 4(2.6)
血 23 例,白血病 17 例,淋巴瘤 4 例,多发性骨髓瘤 3 葡萄球菌属 7 2(1.3)
例,地中海贫血合并白血病 1 例,重型再生障碍性贫血 沼泽库克菌 3 2(1.3)
1 例,骨髓增生异常综合征 1 例,白细胞、血小板计数 其他 — 15(9.8)
升高查因 1 例,全血细胞减少查因 1 例,发热查因 1 例。 合计 — 153(100.0)
a
注: 表示只翻译到属名;—表示无相关数据
53 例患者中有 5 例患者送检 2 次,其中在 8 个月内、4
个月内、2 个月内送检 2 次的各有 1 例,在 1 个月内送 表 2 测序阳性的革兰阴性菌分布〔n(%)〕
检 2 次的有 2 例。所送检的 58 个样本类型为全血(42 Table 2 The distribution of Gram-negative bacteria detected by use of
个)、脑脊液(4 个)、胸腔积液(4 个)、组织(3 mNGS technology
菌属(种) 平均序列 构成比
个)、腹腔引流液(1 个)、关节液(1 个)、痰液(1
约翰逊不动杆菌 249 26(12.9)
个)、右下肢穿刺液(1 个)。送检前白细胞计数:33
越南伯克霍尔德菌 4 582 20(9.9)
9
9
个样本 <4×10 /L,19 个样本为(4~10)×10 /L,6 个
乌汶克霍尔德菌 238 19(9.4)
9
样本 >10×10 /L;送检前中性粒细胞计数:16 个样本
德氏食酸菌 51 15(7.4)
9
9
<0.5×10 /L,10 个样本为(0.5~2.0)×10 /L,32 个样 琼氏不动杆菌 40 14(6.9)
9
本 >2.0×10 /L。 奥斯陆莫拉菌 72 13(6.4)
2.2 mNGS 技术检测血液病患者的感染谱 对 58 个 Methylorubrum 67 12(5.9)
样本进行 mNGS,57 个样本检出可疑病原体(占 extorquens
温和食酸菌 48 10(5.0)
98.3%),1 个样本无病原体检出,且其他检测方法亦
食酸菌属 21 7(3.5)
为阴性,所检测样本的结果见图 1。
洛菲不动杆菌 168 6(3.0)
2.2.1 细菌感染谱 共检测出革兰阳性菌 153 例次,含
其他 — 60(29.7)
25 种细菌,前 3 位分别为痤疮丙酸杆菌、表皮葡萄球 合计 — 202(100.0)
菌、人葡萄球菌(分别为 42、33、32 例次,平均序列 注:—表示无相关数据
分别为 187、117、240),见表 1。共检测出革兰阴性
菌 202 例次,含 47 种细菌,常见的为约翰逊不动杆菌、 出刚地弓形虫(序列分别为 151、34 183)。
越南伯克霍尔德菌、乌汶克霍尔德菌(分别为 26、 2.3 mNGS 技术与其他检测方法的检测结果比较及指导
20、19 例次,平均序列分别为 249、4 582、238),见 治疗情况 选择同时进行 mNGS 技术检测、培养法、
表 2。 G/GM 试验、PCR 检测的 38 个样本进行分析。mNGS 技
2.2.2 真菌感染谱 共检出真菌 40 例次,含 12 种真菌, 术与培养法、G/GM 试验、PCR 检测病原微生物阳性率
2
其中以限制性马拉色菌最常见(28 例次,平均序列为 比较,差异有统计学意义(χ =64.504,P<0.001);
69),见表 3。 mNGS 技术检测病原微生物阳性率高于培养法、G/GM
2
2.2.3 病毒感染谱 病毒检测范围仅限于常见 DNA 病 试验、PCR 检测,差异有统计学意义(χ =44.333、
2
2
毒,共检出病毒 97 例次,含 22 种病毒,其中常见的 P<0.001,χ =37.255、P<0.001,χ =52.356、
为巨细胞病毒(CMV)、各型细环病毒、EB 病毒(分 P<0.001),见表 5。mNGS 技术与其他检测方法同时检
别 为 26、19、13 例 次, 平 均 序 列 分 别 为 595、23、 测出相同病原微生物的有 14 个样本,样本阳性一致率
307),见表 4。其他病原微生物感染谱:1 例重型地中 为 36.8%,检出的相同病原微生物为 CMV、EB 病毒、
海贫血造血干细胞移植后患者血液及脑脊液样本中均检 嗜麦芽窄食单胞菌、限制性马拉色菌、曲霉菌属、白