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samples),G/GM test was used for 46 patients(50 samples),and PCR test was used for 44 patients(48 samples) as well.
Results The bacterial and viral pathogen spectra of infections detected by mNGS technology showed that the most common Gram-
positive bacteria were Propionibacterium acnes (42 times),Staphylococcus epidermidis (33 times),and Staphylococcus
hominis(32 times),the most common Gram-negative bacteria were Acinetobacter johnsonii(26 times),Burkholderia
vietnamiensis (20 times),and Burkholderia ubonensis(19 times),the most common fungus was Malassezia restricta(28
times),and the most common viruses were Cytomegalovirus(26 times),Epstein-Barr virus(14 times) and Torque teno
virus(19 times). Toxoplasma gondii was detected in the blood and cerebrospinal fluid of a patient with severe thalassemia after
hematopoietic stem cell transplantation. Compared to culture method,G/GM test,and PCR test,mNGS technology had a higher
detection rate(P<0.05). The medication of 6 patients were adjusted according to the detection results of mNGS,and 4 of them
were much improved,but the other 2 cases were still poorly treated. Conclusion This study indicates that mNGS technology is
contributive to the determination of causes of clinical infections and guidance on treatment in patients with hematological diseases.
However,due to possible false positive and false negative rates in the detection by mNGS,mNGS technology is recommended to
be used in combination with other detection methods,which could reduce the possibility of misdiagnosis.
【Key words】 Hematologic diseases;Infections;Metagenomic next-generation sequencing;Noxae;Gram-positive
bacteria;Gram-negative bacteria;Fungi;Viruses
感染是血液病患者常见的并发症和死亡原因,研究
本研究主要发现:
发现引起血液病患者感染的原因一方面是由于患者接受
(1)本研究利用宏基因组高通量测序(mNGS)
化疗等治疗引起中性粒细胞减少,另一方面是由于多种 技术揭示了血液学患者的感染谱,革兰阳性菌中最常
侵入性操作和输血等 [1-3] 。因此,早期检测引起感染的
见的为痤疮丙酸杆菌、表皮葡萄球菌、人葡萄球菌,
病原微生物对改善血液病患者的预后尤为重要。传统的
革兰阴性菌中最常见的为约翰逊不动杆菌、越南伯克
病原微生物检测方法,以培养法为代表,培养周期过长、 霍尔德菌、乌汶克霍尔德菌,真菌中最常见的为限制
[4]
且容易受抗生素的影响,不利于临床快速诊断和治疗 。
性马拉色菌;病毒中最常见的为巨细胞病毒、EB 病毒、
随着检测技术的进步,近年来出现的宏基因组高通量测
细环病毒。(2)mNGS 技术与其他传统检测方法相比,
序(mNGS)技术在临床中得到越来越多的应用。mNGS
具有高敏感性,可检出更多病原体,且检测时间快,
技术具有操作简单、所需样本量小、检测快、不易受污 对临床尽早确定感染病因,调整用药方案具有重要参
染、可检测出培养法不能检测的边缘微生物的优点 [4] 。
考意义。
本研究回顾性分析 2018 年 8 月至 2020 年 12 月广西医
科大学第一附属医院血液科利用 mNGS 技术检测有或疑 部、脑部或关节影像学改变。此外,标本送检前 54 个
似有感染症状患者的数据,明确患者的感染谱,以探讨 样本的患者采用经验性抗菌、抗真菌或抗病毒药物治疗
该技术在血液病患者感染的早期诊断及治疗中的意义。 1~69 d,相关报道指出 mNGS 技术检测结果受抗生素的
1 资料与方法 影响较小 [5] 。
1.1 一般资料 标本来源于 2018 年 8 月至 2020 年 12 1.2 方法
月广西医科大学第一附属医院血液科住院期间出现感 1.2.1 mNGS 技术 采用 3 种 mNGS 技术检测方法,分
染或疑似感染症状的 53 例血液病患者,对 53 例患者 别为 PMseqTM、PDC-seqTM、IDseqTM 。3 种方法基于
的 58 个样本(全血、脑脊液、胸腔积液、组织、腹腔 高通量测序技术对样本中微生物核酸序列进行分析,通
引流液、关节液、痰液、右下肢穿刺液)进行 mNGS 技 过与数据库中已有微生物的核酸序列进行比对鉴定微生
术检测。样本送检前有 50 个样本的患者(包括 45 例患 物。检测过程:不同标本分别冷链送至华大基因公司(49
者,其中 5 例患者在不同的时间段送检 2 次)有不同程 个标本)、杰毅基因公司(5 个标本)、微远基因公司
度的发热,伴随症状有头晕、头痛、嗜睡、咳嗽、咳 (4 个标本)。对送检的样本进行处理、提取核酸(DNA
痰、咽痛、胸闷、胸痛、气促等,其中进行影像学检查 和 / 或 RNA)。对于核酸含量符合要求的样本分别进行
的 45 个样本中出现胸部、腹部或脑部影像学改变有 34 PMseqTM 文库构建、PDC-seqTM 文库构建、IDseqTM
个(包括 32 例患者,其中 2 例患者在不同的时间段送 文库构建,然后进行 mNGS,去除测序的接头及低质量
检 2 次);8 个样本的患者(8 例患者)无发热,其中 和低复杂区域的序列后,利用计算宿主减法滤过人类基
7 个样本的患者仅表现为胸闷、气促、抽搐等疑似感染 因组数据 [6] ,将处理后的非人类测序读数与所构建的
症状,1 个样本的患者无明显症状,有 7 例患者出现胸 文库进行匹配,最后取得可疑致病微生物的种类及相对