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构建与分析 基于 String 数据库获取黄芪建中汤治 to inorganic substance（对无机物质的反应）、response
疗 IBS-D 靶点间的互作信息，下载 TSV 文件，导入 to lipopolysaccharide（ 对 脂 多 糖 的 反 应）、response to
Cytoscape 3.8.1 进 行 可 视 化 及 分 析， 得 到 PPI 网 络， xenobitic stimulus（对异种刺激的反应）；CC 分析获得
见图 3A，该网络包括 180 个节点、3 762 条边，通过 115 个条目，前 3 条为 membrane raft（膜筏）、plasma
Network Analyzer 分析，得到紧密中心度值平均值为 membrane protein complex（质膜蛋白复合物）、apical
0.543 096 779、节点连接度值平均值为 41.8、中心度 part of cell（细胞顶端）；MF 分析获得 194 个条目，
值平均值约为 0.004 9，以节点连接度值≥ 83.6、中心 前 3 条为 transcription factor binding（转录因子结合）、
度值≥ 0.009 92 为条件进行筛选，得到核心网络（图 protein kinase binding（蛋白激酶结合）、protein domain
3B）。依据 PPI 网络图，度值排名前 10 位的核心靶标 specific binding（蛋白质结构域特异性结合）；选取
为丝氨酸 / 苏氨酸蛋白激酶 1（AKT1）、细胞肿瘤抗原 BP、CC、MF 分析中最为显著的 20 个过程绘制 GO 功
p53（TP53）、肿瘤坏死因子（TNF）、白介素（IL）-6、 能分析图，见图 4。KEGG 信号通路富集分析共获得
半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶 3（CASP3）、IL-1B、表皮生 352 条信号通路，选取最为显著的 20 个过程绘制 KEGG
长因子受体（EGFR）、连环蛋白 β1（CTNNB1）、转 信号通路富集分析图，见图 5。使用 Cytoscape 3.8.1 绘
录因子 AP-1（JUN）、ESR1，见表 3。
2.5 GO 功能和 KEGG 信号通路富集分析 GO 功能富 表 3 PPI 网络图度值排名前 10 位的蛋白质
Table 3 Top 10 proteins ranked by PPI network connectivity value
集分析中 BP 分析获得 2 376 个条目，前 3 条为 response
蛋白质 中心度值 紧密中心度值 节点连接度值
AKT1 0.075 017 987 0.792 035 132
表 2 网络节点连接度值前 8 名的活性成分
IL-6 0.048 418 789 0.748 954 119
Table 2 Top 8 active ingredients ranked by network connectivity value
TNF 0.035 008 125 0.748 954 119
紧密中 节点连
MOL ID 化合物 所属中药 中心度值
心度值 接度值 TP53 0.032 593 130 0.739 669 120
MOL000098 槲皮素 大枣、甘草、黄芪 0.461 413 0.550 360 366 CASP3 0.031 160 638 0.713 147 109
MOL000422 山柰酚 白芍、甘草、黄芪 0.079 494 0.432 203 141 IL-1B 0.029 970 010 0.707 510 105
白芍、桂枝、大枣、 JUN 0.023 941 574 0.707 510 109
MOL000358 β- 谷甾醇 0.026 992 0.410 188 96
生姜 CTNNB1 0.022 428 304 0.701 961 103
MOL000354 异鼠李素 甘草、黄芪 0.018 881 0.410 188 62
EGFR 0.021 581 035 0.699 219 103
MOL000392 刺芒柄花素 甘草、黄芪 0.027 114 0.406 915 62
ESR1 0.020 330 404 0.688 462 100
MOL000449 豆甾醇 大枣、生姜 0.024 548 0.398 438 40
注：AKT1= 丝氨酸 / 苏氨酸蛋白激酶 1，IL= 白介素，TNF= 肿瘤
MOL000417 毛蕊异黄酮 甘草、黄芪 0.002 292 0.397 403 40 坏死因子，TP53= 细胞肿瘤抗原 p53，CASP3= 半胱氨酸天冬氨酸蛋
7-O- 甲基 - 异 白酶 3，JUN= 转录因子 AP-1，CTNNB1= 连环蛋白 β1，EGFR= 表
MOL000378 黄芪 0.013 369 0.409 091 32
微凸剑叶莎醇 皮生长因子受体，ESR1= 雌激素受体 1

A B

注：A为黄芪建中汤治疗IBS-D潜在作用靶点蛋白相互作用（PPI）网络图，B为核心PPI网络图；图中节点面积大小、颜色深浅与连接度值相关，
连接度值越大，节点面积越大、颜色越深，表示节点在网络中越重要；连线的粗细及颜色深浅与相互作用综合得分大小相关，综合得分越高、
连线越粗、颜色越亮表示两种蛋白间互作关系越强
图 3 黄芪建中汤治疗 IBS-D 潜在作用靶点 PPI 网络图
Figure 3 PPI network of potential targets of Huangqi Jianzhong Decoction in treatment of IBS-D