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块分数 >40）；（2）使用 Cytoscape 软件计算，同时符 主要分布在细胞外外泌体、细胞外基质等 CC（图 2B、
合 最 大 邻 域 分 量（maximum neighborhood component， 表2），主要有细胞外基质结构成分、蛋白质结合等MF（图
MNC）、 最 大 邻 域 分 量 密 度（density of maximum 2C、表 3）。KEGG 结果显示，CRPC 的 DEGs 主要参
neighborhood component，DMNC） 和 最 大 集 团 中 心 性
表 1 CRPC 的 DEGs 主要参与的生物过程
（maximal clique centrality，MCC）前 30 位的基因。
Table 1 Major biological processes in which differentially expressed genes
1.6 关键基因的生存分析和受试者工作特征（ROC）曲 in castration-resistant prostate cancer being involved
线分析 癌症基因组图谱（The Cancer Genome Atlas， ID 描述
TCGA）（http://gepia.cancer-pku.cn/index.html） 数 据 库 GO:0030198 细胞外基质组织
拥有庞大的 PCa 样本量，能提供大量的临床信息 ［19］ 。 GO:0007155 细胞黏附
基于 TCGA 并在基因表达和生存分析的交互式网络 GO:0051301 细胞分裂
GO:0030199 胶原纤维组织
应 用（Gene Expression Profiling Interactive Analysis 2，
GO:0030574 胶原蛋白分解代谢过程
GEPIA2）（http://gepia2.cancer-pku.cn/#index） 下， 对
GO:0000070 有丝分裂姐妹染色单体分离
这些关键基因采用 Mantel-Cox 检验进行生存分析 ［20］ ，
GO:0006909 吞噬作用
评价患者预后，其中总生存期是指从随机化分组开始至
GO:0007067 有丝分裂核分裂
因任何原因引起死亡的时间；无病生存期是指从随机化 GO:0051988 调节纺锤体微管与着丝点附着
分组开始至疾病复发或由于疾病进展导致患者死亡的时 GO:0000281 有丝分裂胞质分裂
间。然后绘制关键基因的 ROC 曲线，用 R 软件 pROC 注：GO= 基因本体论
包 ［21］ 计算 ROC 曲线下面积（AUC），可以直观地分析
表 2 CRPC 的 DEGs 主要参与的细胞成分
关键基因对 CRPC 的诊断价值，一般认为 AUC>0.50， Table 2 Major cellular components of differentially expressed genes
越接近于 1 则诊断价值越高 ［22］ 。以 P<0.05 为差异有统 involved in castration-resistant prostate cancer development
计学意义。 ID 描述
2 结果 GO:0070062 细胞外外泌体
GO:0031012 细胞外基质
2.1 CRPC 的 DEGs 筛 选 通 过 对 微 阵 列 数 据 集
GO:0005578 蛋白质细胞外基质
GSE32269 分析共筛选出 279 个 DEGs，其中上调基因
GO:0005615 细胞外空隙
175 个，下调基因 104 个（图 1，彩图扫描文章首页二
GO:0030496 中间体
维码）。
GO:0005788 内质网腔
2.2 CRPC 的 DEGs GO 富集分析和 KEGG 信号通路分 GO:0005581 胶原蛋白三聚物
析 GO 富集分析结果显示，CRPC 的 DEGs 主要参与细 GO:0005737 细胞质
胞黏附、细胞分裂、有丝分裂姐妹染色单体分离、有丝 GO:0051233 中央区
分裂核分裂和有丝分裂胞质分裂等 BP（图 2A、表 1）， GO:0005604 基底膜

4
2
0 16
-2 下调基因 无区别 上调基因
-4
-6
14
12
10
-lgp 8
6
4
2
0
-4 -2 0 2 4
B 差异倍数
A
注：A 表示排名前 100 的 DEGs 热图，其中红色区域代表高表达基因，绿色区域代表低表达基因，颜色越深，表达越显著；B 表示 DEGs 火山图，
其中红色代表上调基因，绿色代表下调基因，灰色代表无区别；CRPC= 去势抵抗性前列腺癌，PCa= 前列腺癌，DEGs= 差异表达基因
图 1 CRPC 的 DEGs 筛选
Figure 1 Identification of differentially expressed genes in castration-resistant prostate cancer