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注:A 表示生物过程,B 表示细胞成分,C 表示分子功能;GO Circle 图的内环是条形图,其中条形高度表示 GO 术语(P 值)的重要性,颜
色表示 Z 值大小,外环显示了每组基因表达水平(LogFC)的散点图,蓝点代表下调基因,红点代表上调基因;GO= 基因本体论,BP= 生物过程,
CC= 细胞成分,MF= 分子功能
图 2 CRPC 的 DEGs GO 富集分析结果
Figure 2 GO enrichment results of differentially expressed genes in castration-resistant prostate cancer
表 3 CRPC 的 DEGs 主要参与的分子功能
与黏着斑、PI3K-Akt信号通路和细胞周期等途径(图3)。
Table 3 Major molecular functions of differentially expressed genes
2.3 CRPC 的 DEGs PPI 分析及关键基因筛选 应用 involved in castration-resistant prostate cancer development
STRING 数据库对筛选出的 279 个 DEGs 进行 PPI 分析, ID 描述
通过移除分离和单独连接的节点,应用 Cytoscape 将蛋 GO:0005201 细胞外基质结构成分
白网络可视化,得到一个由 224 个节点和 1 665 条边组 GO:0005515 蛋白质结合
GO:0005518 胶原蛋白质结合
成的 PPI 网络(图 4A)。使用 MCODE 识别出了最重
GO:0050840 细胞外基质结合
要的模块(分数 =42.093),由 43 个节点和 863 条边组
GO:0005178 整合素结合
成(图 4B)。根据筛选条件共鉴定出 15 个关键基因(图
GO:0008307 肌肉结构成分
4C), 分 别 是 CDC20、CCNB2、PRC1、MAD2L1、 GO:0048407 血小板衍生生长因子结合
PBK、NUSAP1、RRM2、SMC2、MELK、KIF4A、 GO:0019901 蛋白激酶结合
DTL、ZWINT、CEP55、RACGAP1 和 CDKN3(表 4)。 GO:0008201 肝素结合
2.4 关键基因与 CRPC 患者预后的关系 对 15 个关 GO:0051015 肌动蛋白丝结合
键基因进行生存分析,结果显示,CDC20(n=245)、
MAD2L1(n=246)和 NUSAP1(n=246)高表达组 CRPC PI3K-Akt 信号通路
总生存期分别短于 CDC20(n=245)、MAD2L1(n=246) 黏着斑 -lgp 值
和 NUSAP1(n=246)低表达组,差异均有统计学意义
细胞外基质受体相互作用 8
(P=0.049,P=0.035,P=0.020), 见 图 5。CDC20、 6
MAD2L1 和 NUSAP1 高表达组 CRPC 无病生存期分别短 阿米巴病 4
于 CDC20、MAD2L1 和 NUSAP1 低表达组,差异均有统 吞噬体 2
计学意义(P=7.5E-05,P=0.043,P=0.002),见图 6。 KEGG
蛋白质消化吸收 基因数量
绘 制 CDC20、MAD2L1 和 NUSAP1 预 测 CRPC 发 生 的 5.0
细胞周期
ROC 曲线,结果显示,AUC 分别为 0.933、0.762、0.950 7.5
10.0
(图 7)。 卵母细胞减数分裂 12.5
3 讨论 百日咳 15.0
CRPC 发病机制复杂,AR 扩增、AR 突变及 AR 变
疟疾
异等多种机制均参与 CRPC 的发生、发展 [23] ,但具体
0.050 0.075 0.100
机制仍难以明确。本研究采用生物信息学方法分析芯片 基因率
数据集共筛选出 279 个 DEGs,通过 GO 和 KEGG 富集 注:KEGG= 京都基因和基因组百科全书
分析发现 DEGs 主要富集于细胞分裂、有丝分裂和细胞 图 3 CRPC 的 DEGs KEGG 富集分析结果
Figure 3 KEGG enrichment results of differentially expressed genes
周期。已有研究表明,有丝分裂停滞可抑制 CRPC 的进 involved in castration-resistant prostate cancer development